La ciénaga de la Virgen es una laguna costera ubicada sobre el costado norte de la ciudad de Cartagena y separada del mar por el cordón de arenas de La Boquilla. Tiene forma de pera, estrecha en el norte y amplia en el sur, con anchura máxima de 4.5 km, y tiene una longitud de unos 7 km, un espejo de agua de unos 22,5 km2 y profundidades de hasta 1,6 m. Se comunica con el sistema de Caños y lagunas internas de la ciudad a través del caño Juan Angola. Sobre el costado oriental existe una zona de manglares y zonas pantanosas que cubren un área de 7,5 km2.
En cada pleamar entra por el sistema de compuertas de entrada de la Bocana un volumen de agua marina que induce una corriente dentro de la ciénaga que avanza en dirección sur enmarcada al oriente por la pantalla metálica y al occidente por el costado occidental de la ciénaga. Sobre el borde sur la corriente toma dirección hacia el oriente, y toma luego dirección hacia el norte y después hacia el oeste para dirigirse a las compuertas de salida de la Bocana.
De acuerdo con niveles registrados en el canal de la Bocana, los niveles máximos de marea son del orden de 0.18 m y los niveles mínimos de marea son del orden 0.15 m, con respecto al nivel medio.
